Apariția Complexului Hidroenergetic Nistrean (CHN)a dus la o scădere a numărului speciilor de fitoplancton în Nistru de la 334 în anii 1971–1975 la 225 în anii 1990–2009. De asemenea, au avut loc schimbări structurale ale fitoplanctonului, care s-au manifestat prin reducerea de 1,5 ori a componenței speciilor, scăderea numărului de specii oligosaprobe (care locuiesc în ape curate, precum algele verzi, predominarea speciilor mezosaprobe (care locuiesc în ape cu poluare medie).
Medium.com scrie că după anul 2013, din componența fitoplanctonului Nistrului au dispărut speciile: Polyedriopsis spinulosa, Desmatractum indutum, Characium falcatum, Diacanthos belenophorus și Closterium lanceolatum. Totodată, au apărut specii invazive noi, care elimină speciile locale.
Ca rezultat al modificării regimului termic și hidrologic al apelor Nistrului, s-a redus numărul de specii cu o rezistență scăzută la oscilațiile de temperatură și ale regimului hidrologic. Pe Nistrul de Mijloc se creează condiții nefavorabile pentru dezvoltarea speciilor de clorofite termofile, iar tot mai frecvent se întâlnesc alge specifice pentru apele reci.
Aceste procese sunt cauzate și de deversarea apelor uzate în municipiul Soroca și alte ape uzate, care se revarsă în râul Nistru.
Nistrul se înnămolește, pierde capacitatea de autoepurare și se transformă în lac
Până în momentul creării Complexului Hidroenergetic Nistrean, speciile invazive practic nu erau întâlnite sau erau extrem de puține. După construcția hidrotehnică s-au schimbat condițiile hidrologice, care contribuie la reducerea vitezei curentului, creșterea transparenței apei, creșterea excesivă a plantelor care, în final, au creat condiții de viețuire noi, ceea ce a făcut posibilă apariția unor specii invazive noi sau dezvoltarea intensă a speciilor invazive, deloc numeroase anterior.
Apariția Complexului Hidroenergetic Nistrean a dus la înnămolirea râului Nistru, iar drept confirmare a acestui fapt este apariția crinul de baltă Butomus umbellatus, care formează pe alocuri desișuri extinse, în special pe aria Nistrului de Mijloc, această plantă preferând anume solurile mâloase. Au apărut bancuri și insule de mâl, iar în lacul de acumulare Dubăsari nivelul apelor s-a micșorat. Depozitele de mâl pe alocuri acoperă aproape în totalitate sectoarele de coastă și, parțial, albia principală a râului.
Înnămolirea râului îi reduce semnificativ capacitatea de autoepurare, ceea ce aduce după sine reducerea potențialului Nistrului ca mediu recreativ pentru odihnă și pentru dezvoltarea turismului. Efectele negative s-au resimțit și la nivelul zooplanctonului, care are un rol important în ecosistem, formând temelia bazei nutritive a corpurilor de apă și participând activ la procesele de autoepurare a ecosistemelor acvatice.